Từ Tổ Toán (một trong số không nhiều tổ chuyên môn được hình thành sớm nhất ngay từ khi thành lập trường), sau 60 năm xây dựng và phát triển, đến nay đã hình thành Viện Toán ứng dụng và Tin học vững mạnh, là đơn vị có uy tín về nghiên cứu khoa học và đào tạo đại học, thạc sĩ, tiến sĩ trong lĩnh vực Toán học, Tin học; có những hợp tác nghiên cứu và giảng dạy với các cơ sở trong và ngoài nước, cũng như phối hợp với các ngành, các cấp, các doanh nghiệp trong việc đưa ứng dụng Toán học, Tin học vào những lĩnh vực như kinh tế, tài chính, quản lý, xây dựng, kỹ thuật,…